Bästa bokföringsprogram för e-handel – Shopify, WooCommerce och mer

Kort svar

Enligt vår modell för litet aktiebolag rankas Briox Classic högst just nu (9,3 av 10, 199 kr/mån), följt av Wrebit med 9,1 och Lundify (Björn Lundén) med 8,5. Rangordningen räknas om när priserna kontrolleras.

Live från jämförelsen

Högst rankade för litet aktiebolag

Räknat med vår modell för profilen litet aktiebolag: kostnad för profilens behov, funktioner, hur lätt det är att komma igång och prisöppenhet.

Högst rankade för litet aktiebolag
Program	Poäng	Kr/mån
1Briox Classic	9,3 av 10	199 kr
2Wrebit	9,1 av 10	199 kr
3Lundify (Björn Lundén)	8,5 av 10	349 kr
4Spiris (f.d. Visma eEkonomi)	8,3 av 10	349 kr
5Bokio	8,3 av 10	359 kr

Källa: Leverantörernas prislistor kontrollerad 17 okt 2026

Hela jämförelsen och uträkningen

En e-handel har hundratals små ordrar i stället för ett fåtal fakturor. Att bokföra dem för hand håller inte, så programmet måste kunna prata med webbutiken och betallösningarna. Fortnox är marknadsledande här tack vare sitt utbud av integrationer.

Det här måste programmet klara

Webbutiksintegration – direktkoppling till Shopify, WooCommerce, Adobe Commerce eller din plattform.
Automatisk orderimport – varje order eller dagsförsäljning blir en verifikation utan handpåläggning.
Betallösningar – Klarna, Stripe, PayPal och Swish ska synkas, och avgifterna bokföras separat från försäljningen.
OSS-moms – säljer du till konsumenter i andra EU-länder över tröskeln behöver systemet hantera olika länders momssatser.
Lager – med eget lager behöver du ett system som räknar ner saldot vid försäljning och håller koll på lagervärdet.

Våra rekommendationer

Fortnox – standardvalet för seriös e-handel: färdiga kopplingar till nästan alla webbutiker, betallösningar och lagersystem. Räkna med tillägget Integration och plattformsavgiften Fortnox Access utöver paketpriset.

Spiris (f.d. Visma eEkonomi) – integration ingår från paketet Skala och lager finns som tillval. Färre nischintegrationer än Fortnox.

Kleer – för e-handlare med hög omsättning som vill slippa bokföra själva. System och byrå i ett, men med högre månadskostnad.

Bokio – för den minsta butiken. Integrationer (API) ingår från Premium, men lagerhantering saknas.

Saknas en direktkoppling används ofta en kopplingstjänst mellan butik och bokföring, till exempel Sharespine (även lager och marknadsplatser som CDON och Amazon), Automatisera Mera eller Wetail (WooCommerce).

Flöden som måste fungera

1. Ordern kommer in

Kunden köper → ordern skapas i bokföringssystemet → lagersaldot minskar (med lagermodul) → bokföringsunderlag skapas. Allt utan manuellt arbete.

2. Betalningen redovisas

Många bokför inte varje order utan använder dagsavslut eller utbetalningsrapporter från betalväxeln:

Försäljningen bokförs när kunden köper.
Betalväxelns avgift bokförs som kostnad (ofta konto i 60-gruppen).
Utbetalningen till ditt bankkonto matchas mot försäljningen.

Momsen på avgiften hanteras med omvänd skattskyldighet om betalväxeln sitter utomlands – till exempel Stripe (Irland) eller PayPal (Luxemburg).

3. EU-försäljning och OSS

Över tröskeln ska du debitera mottagarlandets moms – till exempel 19 % i Tyskland – och redovisa transaktionerna i en särskild OSS-deklaration varje kvartal. Kontrollera att ditt program hanterar OSS innan du börjar sälja över tröskeln.

Frakt och lager

Frakt bokförs gärna separat från produktintäkten så att du ser bruttomarginalen. Inom Sverige följer fraktens moms varans momssats; med blandade varor fördelas momsen proportionerligt.
Lager: inköpta varor är en tillgång tills de säljs och blir en kostnad. Enklare program hanterar inte lager, och då får du justera lagervärdet manuellt vid bokslut.

Med en riktig integration mellan butik och bokföring sparar du många timmar varje månad – det är oftast värt integrationstillägget.

Vanliga frågor

Vilket bokföringsprogram är bäst för Shopify?

Fortnox, via direktkopplingar eller kopplingstjänster som Sharespine. Ordrar synkas automatiskt. Spiris (f.d. Visma eEkonomi) fungerar också.

Hur bokför jag PayPal-försäljning?

Synka PayPal via en integration. PayPals avgifter bokförs separat som kostnad, och momsen på avgiften hanteras med omvänd skattskyldighet eftersom PayPal finns i Luxemburg.

Måste jag använda OSS för min webbutik?

Om du säljer varor till privatpersoner i andra EU-länder för mer än 10 000 euro per år totalt ska du ta ut mottagarlandets moms. Antingen momsregistrerar du dig i varje land, eller så redovisar du via OSS (One Stop Shop) med en kvartalsdeklaration till Skatteverket.

Hur hanterar jag Klarna i bokföringen?

Klarna skickar utbetalningsrapporter som matchas mot försäljningen. Klarnas avgift bokförs som kostnad. Fortnox och Spiris har kopplingar för betallösningar som Klarna.

Behöver jag en lagermodul?

Med få produkter räcker ofta webbutikens lagersaldo. Med många produkter eller eget lager bör bokföringsprogrammet hålla koll på lagervärdet, som du behöver vid bokslut.

Fungerar Bokio för e-handel?

För en liten butik med låg volym kan det räcka. Bokio har dock ingen lagerhantering.

Hur bokför jag dropshipping?

Du bokför försäljningen när kunden köper och inköpet när du beställer från leverantören – du äger aldrig lagret. Om leverantören finns inom eller utanför EU påverkar tull och moms.